Для постановки диагноза гепатит G требуется исключить гепатиты иной этиологии. Также было показано, что в отличие от HCV инфекции, при HGV одновременно не обнаруживаются специфические антитела против HGV и РНК HGV. Таким образом, обнаружение РНК HGV свидетельствует о текущем заболевании, в то время как наличие специфических антител указывает на элиминацию вируса.